サイバーゲドンは、エージェントのクロエ・ジョセリンが、仲間のエージェント、フランク・パーカー、そして収監中のマスターハッカー、チェイス・ラビット・ローゼンと共に、一見無関係に見える一連のサイバー攻撃を捜査する物語を追う。クロエと彼女のチームは、手遅れになる前に、グスタフ・ドブレフ率いる世界的なサイバー犯罪組織を解明しなければならない。誰もがつながっている世界では、誰もが危険にさらされているのだ。