リンカーン・バロウズは現在死刑囚で、数ヶ月後に自分が犯していないと弟マイケルが確信する暗殺のために死刑が執行される予定です。選択肢がなく、時間が迫る中、マイケルは自らを投獄させ、兄と同じフォックスリバー州立刑務所に入るための過激な手段を講じます。内部に入ると、構造エンジニアであるマイケルは、刑務所の設計図を持って、リンカーンを脱出させ、無実を証明するための巧妙な計画を実行し始めます。フォックスリバー州立刑務所に到着したマイケルは、脱出計画を知らずに手助けをする囚人たちと出会います。恋に悩むセルメイトのスクリ、知事の娘である美しい刑務所の医師サラ・タンカレディ博士、元マフィアのボスジョン・アブルッツィ、そして看守ヘンリー・ポープです。一方、刑務所の外では、兄弟の幼なじみでリンカーンの失われた愛、弁護士のヴェロニカ・ドノバンが法の枠内で彼らを解放しようと奮闘しています。リンカーンの十代の息子LJは、父親と同じ道を歩んでいるかもしれません。そして、シークレットサービスのエージェント、ポール・ケラーマンのリンカーンの事件に対する調査は、国家的な陰謀の可能性を示唆しています。