「CHAOS;HEAD」の物語は2009年の渋谷を舞台に、私立翠明学園に通う高校生、西條拓巳を中心に展開する。最近渋谷区で発生している、「ニュージェネレーション」と呼ばれる奇妙で残虐な連続殺人事件が物語の核となる。物語は9月28日、拓巳がネット友達の「Grim」とチャットしているところから始まる。地元のニュースにも国際的なニュースにも興味のない拓巳に、Grimは最近のニュージェネレーション事件について説明しようとしていた。Grimと拓巳の会話の途中で、「将軍」と名乗る人物がチャットルームに参加する。Grimが退出した後、将軍が話し始める。彼の言葉は非常に謎めいていて分かりにくく、拓巳を不安にさせる。その後、将軍は拓巳に大量の画像リンクを送りつける。そのうちの一つには、男が杭で壁に磔にされている残虐な殺人現場らしき画像が含まれていた。