Venus Versus Virus segue la normale studentessa Sumire, che fin da piccola ha avuto la capacità di vedere i fantasmi. Racconta questo fatto ad amici e familiari, ma loro la liquidano, pensando che sia una bugiarda. Un incontro casuale con una spilla comparsa dal nulla, un mostro e una killer di mostri vestita in stile gothloli di nome Lucia, la porta a una decisione che le cambierà la vita: usare la sua abilità e combattere contro questi "virus" che si nutrono della razza umana.