Treadstone esplora la storia delle origini e le azioni attuali di un programma di operazioni segrete della CIA noto come Treadstone, un'operazione clandestina che utilizza un protocollo di modificazione comportamentale per trasformare i suoi agenti in assassini quasi inarrestabili e sovrumani. La serie segue agenti dormienti in tutto il mondo mentre vengono misteriosamente "risvegliati" per riprendere le loro missioni mortali.