Headmasters inizia con Galvatron alla guida di un nuovo gruppo di Destron per muovere guerra a Seibertron, gli Headmaster Destron. I Cybertron vengono salvati dall'arrivo degli Headmaster Cybertron, guidati da Fortress (Cerebros, la testa di Fortress Maximus). Viene rivelato che Fortress lasciò Seibertron milioni di anni fa in cerca di energia, e sono finalmente riusciti a tornare a casa. Spiega che gli Headmaster provengono da un pianeta chiamato Master; i robot a grandezza umana che vivono lì si sono costruiti corpi delle dimensioni dei Transformer.