Sono passati 10 anni dalla fatidica battaglia contro Unicron. Molti dei Decepticon che combatterono nella battaglia contro Unicron si sono uniti agli Autobot per estrarre Energon, una fonte di energia alternativa. Ma una nuova fonte di male è emersa, Alpha Q, che pianifica di rubare l'Energon agli Autobot con l'aiuto di Scorponok e dei Terrorcon. Questo nuovo male sta cercando di far rivivere Megatron e Unicron per riaccendere le vecchie fiamme della guerra.