Lontano, attraverso l'universo, una feroce battaglia infuria sul pianeta lontano di Cybertron. Lì, gli eroici Autobot e i malvagi Decepticon si scontrano per un gruppo di robot chiamati Mini-Con, il cui potere può potenziare le abilità di un Transformer in battaglia. Rendendosi conto che la battaglia per i Mini-Con si stava rivelando troppo costosa, i Transformer hanno allontanato i Mini-Con da Cybertron su una grande nave, ma quando la nave precipita su un pianeta remoto, innesca una catena di eventi che alla fine porta la furiosa rivalità tra Autobot e Decepticon a essere combattuta sulla Terra. Una volta sulla Terra, la battaglia per i Mini-Con ricomincia, con gli Autobot che ottengono nuovi alleati umani nella loro missione di localizzare tutti i preziosi "strumenti intelligenti" prima che i Decepticon possano usare il loro potere per ottenere il dominio sulla galassia... ma mentre la battaglia infuria, un male più grande si nasconde nell'ombra, il gigantesco distruttore di pianeti Unicron...