Decisamente diverso dai cupi, violenti e oscuri fumetti della MIRAGE da cui sono originati i Tartarughe, questa versione del franchise è rimasta la più longeva e memorabile di tutte. Quattro tartarughe cadono nelle fogne e vengono accolte da Hamato Yoshi, un uomo giapponese inviato a New York costretto a vivere nelle fogne. Un giorno vede un strano bagliore verde che trasforma le quattro tartarughe in creature simili agli esseri umani. Hamato (ora Maestro Splinter) si trasforma in un gigantesco ratto a causa del bagliore verde e insegna alle tartarughe le abilità del ninja mentre si uniscono alla reporter del notiziario Channel 6, April O'Neil, per combattere contro l'acerrimo nemico di Yoshi, Shredder, e Krang, un signore della guerra alieno proveniente dalla Dimensione X.