Il primo giorno di liceo, una bellissima ragazza di nome Haruhi Suzumiya si presenta dichiarando di "non avere alcun interesse per gli umani ordinari". Chiede di unirsi a lei alieni, viaggiatori nel tempo, esper e persone con poteri psichici. A osservare il suo strano comportamento c'è Kyon, un ragazzo seduto di fronte ad Haruhi, l'unica persona che le parla. Commentando il fatto che Haruhi si sia iscritta e poi abbia abbandonato ogni club della scuola, Kyon dà involontariamente ad Haruhi l'idea di fondare un proprio club doposcuola. Dopodiché, Kyon e diversi altri si ritrovano letteralmente trascinati nella Brigata Suzumiya Haruhi per Salvare il Mondo Sovraccarico di Divertimento (in breve, la Brigata S.O.S.).