Spider-Man continua da dove si era interrotto il fortunato film live-action con lo stesso nome. La serie segue le avventure del supereroe Peter Parker e dei suoi amici, Harry Osborne e Mary Jane Watson, durante il loro primo anno di college all'Empire State University. Parker deve destreggiarsi tra gli studi, un lavoro come web designer/fotografo per il Daily Bugle e una relazione altalenante con l'amore della sua vita, il tutto mentre combatte per proteggere il mondo dai super-cattivi.