Dopo che la sua nave mercantile olandese Erasmus e il suo equipaggio superstite vengono spinti a riva da una violenta tempesta a Injiro, sulla costa orientale del Giappone, il Pilota Maggiore John Blackthorne, navigatore inglese della nave, viene fatto prigioniero dai guerrieri samurai. Quando in seguito viene temporaneamente rilasciato, deve destreggiarsi tra la sua identità di inglese associato ad altri europei in Giappone, ovvero mercanti portoghesi e preti gesuiti, e la cultura giapponese aliena in cui è stato gettato e a cui ora deve adattarsi per sopravvivere. Essendo un inglese, Blackthorne è in contrasto sia religioso che politico con il suo nemico, i portoghesi, e con l'ordine gesuita della Chiesa cattolica. Il radicamento cattolico in Giappone mette Blackthorne, protestante e quindi eretico, in una posizione di svantaggio politico. Ma questa stessa situazione lo porta anche all'attenzione dell'influente Lord Toranaga, che diffida di questa religione straniera che si sta diffondendo in Giappone. Egli compete con altri signori della guerra samurai di pari alto lignaggio, tra cui convertiti cattolici, per la potentissima posizione di Shōgun, il governatore militare del Giappone.