Valkyria Chronicles è ambientato in un continente fittizio che ricorda l'Europa degli anni '30. Il continente, chiamato Europa, è diviso in due potenze principali: l'Impero, una monarchia a est, e l'alleanza di democrazie chiamata Federazione a ovest. In questo mondo esiste una risorsa molto importante chiamata ragnite; i suoi usi spaziano dall'alimentazione di armi da guerra all'impiego in trattamenti medici. Poiché la ragnite è una risorsa così importante, la Federazione e l'Impero sono costantemente in guerra tra loro per ottenerla. La storia si svolge nel paese neutrale della Gallia, noto per le sue abbondanti riserve di ragnite, quando l'Impero decide di invadere e impossessarsi della ragnite per sé. La storia segue Welkin, figlio di un ex eroe di guerra; Isara, la sorella adottiva Darcsen di Welkin; e Alicia, membro della milizia cittadina di Bruhl, mentre combattono gli Imperiali nel gruppo di milizia gallica improvvisato, la Squadra 7. La Squadra 7 combatte per riconquistare le proprie case e i propri mezzi di sussistenza con Welkin come leader della squadra e comandante del carro armato Edelweiss; Alicia come esploratrice; Isara come pilota dell'Edelweiss, e una varietà di individui coloriti.