Minato Sahashi è estremamente intelligente, ma a causa della sua incapacità di gestire la pressione ha fallito l'esame di ammissione all'università per ben due volte. Di conseguenza, è stato etichettato da molti come un idiota e un fallito. Un giorno, dopo aver parlato con sua madre, ancora una volta delusa, entra in contatto con una ragazza di nome Musubi che era sotto attacco. La ragazza fugge, ma lo porta con sé e presto Minato scopre che lui, a sua insaputa, è un Ashikabi, uno dei misteriosi maestri che possiedono il tratto genetico per diventare partner di alcune delle 108 adorabili ragazze, donne formose e bishōnen chiamate "Sekirei". Il motivo di questa partnership permette ai Sekirei di usare tutto il loro potere per vincere nella competizione indetta dalla misteriosa corporazione MBI.