Il Mondo Blu, che simboleggia la ragione, è sotto costante attacco dalle creature chiamate Nightfly O'Note, provenienti dal Mondo Rosso, che simboleggia l'istinto. Akira Asagi, la diciassettenne protagonista che è una ricercatrice del Mondo Blu, viene nominata per guidare la guerra presso il Ryuukyuu LAG, un orgoglioso impianto di difesa sulle isole di Ishigaki e Iriomote. Qui incontra la sesta unità da combattimento "IS", formata quattro anni dopo una feroce battaglia che aveva annientato la quinta unità. Akari dovrà guidare questi sei cavalieri, noti anche come Scared Rider Xechs, a combattere contro l'altro mondo, mentre allo stesso tempo approfondisce i legami tra loro.