Prime Target segue Edward Brooks, un brillante giovane studente di matematica prossimo a una scoperta epocale. Se riuscirà a trovare uno schema nei numeri primi, avrà la chiave di ogni computer al mondo. Presto si renderà conto che un nemico invisibile sta cercando di distruggere la sua idea prima ancora che nasca, il che lo porta nell'orbita di Taylah Sanders, un'agente della NSA incaricata di sorvegliare e riferire sul comportamento del matematico. Insieme inizieranno a svelare la preoccupante cospirazione al centro della quale si trova Edward.