Pokémon Origins segue Rosso nel suo viaggio attraverso la regione di Kanto nel suo tentativo di completare il suo "Pokédex" catturando e catalogando tutti i Pokémon esistenti. Lungo la strada scoprirà che c'è di più in se stesso e nei suoi obiettivi di quanto avesse inizialmente pensato. Rosso dovrà mettere alla prova sia se stesso che i suoi Pokémon in Palestre speciali i cui Capipalestra sono tappe lungo il cammino verso la Lega Pokémon, al fine di sfidare i Superquattro e diventare un Campione della Lega Pokémon. Oltre ai suoi obiettivi di diventare un Campione, Rosso ha altri problemi in agguato. Ci sono altri che catturano e allenano Pokémon per ragioni più sinistre, con la famigerata organizzazione criminale Team Rocket tra questi. Se Rosso riuscirà a sconfiggere loro, altri allenatori, il suo rivale Blu e i Pokémon selvatici in tutta Kanto, potrebbe realizzare il suo sogno, e anche quello del Professor Oak.