Kaito, una matricola liceale appassionata di enigmi, viene selezionato come candidato per "Phi Brain". Lui e la sua amica Nonoha trovano un "enigma irrisolvibile" vicino alla loro scuola. L'enigma si rivela essere un "enigma filosofale" che mette a repentaglio la vita, creato dal misterioso gruppo P.O.G. (Puzzle Of God). Dopo aver risolto con successo l'enigma, Kaito viene designato come Solver e si unisce ad altri Solver mentre combattono il P.O.G. in tutto il mondo risolvendo gli "enigmi filosofali".