In primavera, quando i petali dei ciliegi cadono, Yū Narukami si trasferisce a Yaso Inaba per vivere con suo zio e sua cugina, a causa delle circostanze familiari. Si trasferisce alla Yasogami High School, dove inizia la sua vita scolastica ricca di eventi. Tuttavia, quando iniziano a verificarsi omicidi seriali nella pacifica cittadina, Yū viene risvegliato al potere del suo cuore trasformato in forma fisica: un Persona. Tra questi nuovi misteri c'è Marie, un'abitante del mondo alternativo, la Velvet Room, che non ha ricordi del suo passato. Insieme ai suoi amici, Yū dovrà risolvere tutti gli enigmi che gli si presentano e salvare Yaso Inaba da ulteriori violenze.