L'Accademia Waldstein è un istituto dedicato agli studi sulle discipline paranormali, guadagnandosi così il nome di Accademia dell'Occulto. Maya Kumashiro torna in questo luogo per partecipare al funerale dell'ex preside, Junichiro Kumashiro, suo padre. Maya, una scettica che odia l'occulto, incontra Fumiaki Uchida, un agente temporale dal futuro inviato nel 1999 per impedire che si avverino le apocalittiche Profezie di Nostradamus. Le predizioni affermano che la scuola sarà il punto zero del cataclisma che distruggerà il mondo. Devono unire le forze per scoprire non solo cosa ha realmente portato alla morte di suo padre, ma hanno anche tempo limitato per scoprire quale sia la chiave che scatenerà l'inizio della fine.