Shio Ogura, un normale studente delle superiori giapponesi, si trova in visita a Taiwan per un viaggio scolastico quando viene improvvisamente attaccato da mostri. Anche degli agenti noti come "E-Gene Holders" dell'agenzia governativa DOGOO arrivano, armati di armi infuse con gli spiriti di figure storiche. Tuttavia, in mezzo a tutto ciò, si scopre che Shio è anche un E-Gene Holder quando l'anima di Oda Nobunaga si risveglia dopo che lei cerca di salvare un'amica.