Nel Giappone feudale, la gente di Edo è sotto assedio da insetti giganti che devastano la terra. Il popolo implora disperatamente il governo di fare qualcosa al riguardo. Viene così istituito l'Ufficio del Magistrato degli Insetti, che raduna forti guerrieri per difendersi dall'avanzata dei parassiti. Mushibugyou segue Jinbee Tsukishima, un giovane che aspira a diventare un maestro spadaccino come suo padre. Per espiare un terribile incidente accaduto per sua colpa, Jinbee cerca di prendere il posto di suo padre come membro dell'Ufficio del Magistrato degli Insetti. Durante il suo viaggio, incontra la dolce Haru, una giovane donna che aiuta a gestire la casa da tè della sua famiglia, ed è costretto a usare la sua spada per salvarla da un destino cruento. Questo atto di coraggio gli vale un posto nel Magistrato degli Insetti. Riuscirà questo novellino sterminatore a liberare la terra dall'orda di insetti che la sta invadendo?