Nel Giappone del prossimo futuro, compaiono dei grotteschi mostri chiamati "Mushi". Essi infettano le persone, conferendo loro poteri soprannaturali. I "Mushitsuki", gli ospiti dei Mushi, sono temuti, disprezzati e abbandonati dalla società... oppure vengono uccisi dai Mushi. In mezzo a tutto questo, lo studente liceale Kusuriya Daisuke incontra una ragazza mentre si reca alla scuola in cui si è appena trasferito. In qualche modo, lui e la ragazza, Anmoto Shiika, che si trova lì all'incrocio ferroviario, si sentono attratti l'uno dall'altra. Come se riconoscessero nell'altro ciò che manca dentro di sé, la loro relazione si approfondisce rapidamente. Tuttavia, Shiika è una fuggitiva da GARDEN, un manicomio segreto per Mushitsuki. Il Tokkan, o Agenzia Speciale per la Conservazione dell'Ambiente, responsabile di trovare i Mushitsuki e confinarli nel manicomio, ordina a Kakko, il loro miglior agente e il più forte Mushitsuki, di darle la caccia.