Anno C.E. 71: Nel pieno della guerra tra i Natural (OMNI) e i Coordinator (ZAFT), un'unità ZAFT viene inviata a dirottare i nuovi mobile suit sviluppati dall'Alleanza Terrestre sulla colonia neutrale di Heliopolis. Il Coordinator civile di Orb, Kira Yamato, frequenta il college tecnico di Heliopolis. Dopo che ZAFT ha dirottato 4 dei 5 mobile suit, Kira si imbatte nell'ultimo rimasto, Strike, ed è costretto a pilotarlo per salvare la propria vita e quella dei suoi amici. Durante questa confusione, Kira si riunisce anche con il suo amico d'infanzia Coordinator, Athrun Zala, che ironicamente si rivela essere un soldato ZAFT e uno dei dirottatori a Heliopolis. Avendo il controllo di Strike, Kira si unisce all'Alleanza Terrestre a bordo della nave nota come Archangel, per proteggere i suoi amici mentre dispera di diventare il nemico del suo amico d'infanzia e del suo popolo.