Nel paese di Gazth-Sonika, infuria la guerra civile. Lì, una mercenaria di nome Madlax esercita il suo mestiere, con abilità quasi soprannaturale. Nel paese apparentemente pacifico di Nafrece, Margaret Burton vive una vita tranquilla. Per quanto le loro vite possano sembrare separate, le due sono collegate da legami di mistero e da un libro sacro che è anche cercato dall'organizzazione oscura, Anfan. Mentre Margaret e Madlax seguono il cammino del loro destino, si avvicinano sempre di più a svelare la verità - senza alcuna garanzia che sia una verità che possano sopportare di apprendere.