In un universo futuristico, l'umanità ha combattuto una guerra contro una razza di giganti conosciuti come Zentradi. Di fronte all'estinzione per mano dei loro nemici, l'umanità è fuggita verso le stelle. Nel 2059 d.C., la 25ª flotta di immigrazione gigante, nota anche come Macross Frontier, intraprende il suo viaggio verso il centro della galassia. Per la maggior parte, la vita sulla Macross Frontier procede normalmente. Ma quando la famosa cantante Sheryl Nome fa visita, le cose vanno storte. Misteriosi alieni biomeccanici noti come Vajra appaiono e attaccano, proprio mentre i cittadini sono impegnati a fare ressa per Sheryl. Lo studente pilota di mech diciassettenne Alto Saotome si unisce alla mischia contro la minaccia aliena. Mentre combatte contro un Vajra, Alto salva una giovane ragazza di nome Ranka Lee. Il Maggiore Ozma Lee nota l'abilità di Alto durante la sua battaglia e lo recluta nel programma Strategic Military Services. Ma il suo reclutamento non va liscio, poiché i fantasmi del passato di Alto tornano a perseguitarlo.