Lamune racconta la storia di un ragazzo di nome Kenji e della sua amica d'infanzia Nanami. Sebbene tutti sembrino sapere che hanno una relazione, nessuno dei due è determinato a spingerla oltre quella di semplici amici intimi. La storia si sviluppa attraverso flashback, spiegando perché sono così legati e come ogni azione non sembri allontanarli, ma avvicinarli.