La storia di Kanokon ruota attorno a Kouta Oyamada, un giovane studente del primo anno delle superiori che si trasferisce dalla campagna alla città e quindi alla Kunpo High School. Il primo giorno nella sua nuova scuola, una bellissima studentessa del secondo anno di nome Chizuru Minamoto gli chiede di incontrarla da soli nella sala di musica. Quando arriva, lei gli rivela di essere in realtà una divinità volpe e da quel giorno i due iniziano a frequentarsi. Nozomu è una studentessa del primo anno della scuola di Kouta, è in realtà una divinità lupo innamorata di Kouta, e una rivale di Chizuru per le sue attenzioni.