Ambientata nel 1937, alla vigilia della Seconda Guerra Mondiale, la storia ruota attorno a una misteriosa organizzazione di addestramento spie nota come "Agenzia D". L'organizzazione è fondata dal Tenente Colonnello Yuuki dell'Esercito Imperiale Giapponese. I suoi ideali lo portano a reclutare persone al di là dei diplomati e del personale delle accademie militari, addestrandole a diventare agenti abili nelle arti della manipolazione. Questi agenti formeranno una squadra specializzata per condurre operazioni. Uno di questi agenti antieroi, sotto il nome di Jirou Gamou, intraprende una missione straziante per scoprire documenti segreti intitolati "Black Notes", mentre combatte forze dall'interno e dall'esterno dei propri ranghi.