"Hundred"—quest'è l'unica arma in grado di opporsi alla misteriosa forma di vita "Savage" che minaccia di invadere la Terra. Il protagonista, Kirasagi Hayato, mira a diventare un Maestro di Arti Marziali usando questo Hundred. È riuscito a entrare nell'università-corazzata Little Garden. Tuttavia— "Volevo vederti, Hayato!!!" "C-Come fai a sapere il mio nome?" Intorno al suo coinquilino, Emil Crossford, che in qualche modo lo conosce bene (?), Hayato prova una sensazione di inquietudine. Per di più, subito dopo la cerimonia d'apertura, gli viene richiesto un duello dalla più forte maestra di arti marziali dell'accademia, "Queen" Claire Harvey...!? L'ultima battaglia accademica inizia qui!