Nel 1945, la Seconda Guerra Mondiale finì bruscamente quando una razza aliena apparve sulla Terra e iniziò a massacrare la popolazione umana. L'anno è il 1999: 54 anni dopo, l'umanità sta ancora lottando per sopravvivere contro le forze aliene. Le forze terrestri ora utilizzano avanzati mecha chiamati Humanoid Walking Tanks (HWT) per combattere gli invasori, ma nel corso di questa terribile prova, troppi piloti sono stati uccisi in azione. Di conseguenza, gli studenti delle scuole superiori vengono ora reclutati per diventare piloti di HWT. Gunparade March segue le vite del 5121° Plotone, che ha appena aggiunto ai propri ranghi una misteriosa ragazza di nome Mai Shibamura.