Edward Elric, un giovane e brillante alchimista, ha perso molto nella sua vita di dodici anni: quando lui e suo fratello Alphonse cercano di resuscitare la loro madre defunta attraverso l'atto proibito della trasmutazione umana, Edward perde la sua famiglia così come due dei suoi arti. Con le sue supreme abilità alchemiche, Edward lega l'anima di Alphonse a una grande armatura. Un anno dopo, Edward, ora promosso alchimista di stato, intraprende un viaggio con il suo fratello minore per ottenere la Pietra Filosofale. Si dice che il mitico oggetto leggendario sia in grado di amplificare le capacità di un alchimista in modo straordinario, permettendo loro di superare la legge fondamentale dell'alchimia: per guadagnare qualcosa, un alchimista deve sacrificare qualcosa di valore equivalente. Edward spera di attingere alle risorse militari per trovare la leggendaria pietra con il suo potere e ripristinare i corpi suoi e di Alphonse alla normalità. Tuttavia, i fratelli Elric scoprono presto che c'è molto di più nella pietra leggendaria di quanto sembri, mentre vengono guidati all'epicentro di una battaglia molto più oscura di quanto avrebbero mai potuto immaginare.