Kaname Chidori è una normale adolescente nella moderna Giappone. Almeno, così pensava prima che un ragazzo di nome Souske Sagara iniziasse a seguirla, comportandosi come un totale maniaco militare! Le cose iniziano a chiarirsi quando il suo viaggio scolastico viene dirottato e portato in Corea del Nord, dove Kaname viene rapita e le viene detto che è una Whispered. Le Whispered sono anomalie genetiche, esseri nati con vasti quantitativi di conoscenze incredibilmente avanzate in matematica, scienza e tecnologia. Souske viene a salvarla, rivelando di essere uno specialista addestrato nell'organizzazione militare segreta MITHRIL, giurata a proteggere il mondo e a difendere le Whispered dall'essere sfruttate dai terroristi. Ora, con la consapevolezza di ciò che è e di cosa è stato inviato a fare Souske, riuscirà a superare il liceo sana e salva?