Ambientata in un mondo leggermente futuristico dove la Terra è stata invasa e si trova in guerra con alieni provenienti da un'altra dimensione chiamata Nova, la storia segue le avventure di un ragazzo giapponese di nome Kazuya Aoi che si iscrive per l'addestramento in una scuola speciale per ragazze geneticamente modificate chiamate Pandora, che combattono gli alieni, e dei loro partner maschi, chiamati Limiter, che usano un potere speciale chiamato "freezing" per limitare la mobilità dei loro avversari. Il protagonista fa la conoscenza di un'insolita ragazza più grande di nome Bridgette L. Satellizer, che sembra essere la Pandora più potente della sua classe, ma non ha ancora scelto un partner maschio che sia il suo Limiter, e nonostante gli avvertimenti di tutti i suoi amici, decide di essere il suo Limiter.