La storia ruota attorno a Haruka Nanase, un ragazzo che ha sempre amato immergersi nell'acqua e nuotarci. Prima di diplomarsi alla scuola elementare, ha partecipato a un torneo di nuoto insieme ai suoi compagni del club di nuoto, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki e Rin Matsuoka. Dopo aver ottenuto la vittoria, ognuno dei ragazzi ha preso strade diverse. Il tempo è passato e, nel bel mezzo delle loro tranquille vite liceali, Rin appare e sfida Haruka a una gara, mostrando ad Haruka la sua travolgente potenza. Non volendo che finisca così, Haruka riunisce nuovamente Makoto e Nagisa e porta un nuovo membro di nome Rei Ryugazaki per creare il Club di Nuoto della Scuola Superiore Iwatobi al fine di sconfiggere Rin.