Cowboy Bebop racconta la storia di tre cacciatori di taglie, detti "cowboy", che cercano tutti di sfuggire al proprio passato. Diversi tra loro quanto letali, Spike Spiegel, Jet Black e Faye Valentine formano un equipaggio scaltro e sarcastico, pronto a dare la caccia ai criminali più pericolosi del sistema solare, ovviamente, al prezzo giusto. Ma potranno solo cavarsela a calci e battute per un certo numero di risse prima che il loro passato li raggiunga definitivamente.