Nel 2016, il disastro di una centrale nucleare contamina Tokyo, costringendo il governo a ordinare l'evacuazione dei suoi cittadini. 20 anni dopo, Tokyo è diventata una città fantasma a causa degli alti livelli di radiazioni, che hanno reso l'ingresso vietato a chiunque da parte del governo. Quando viene ricevuto un segnale di soccorso dalla zona, le Forze di Autodifesa Terrestri del Giappone inviano tre ragazze dell'unità speciale Coppelion per cercare sopravvissuti nella capitale in rovina.