Un piano segreto del governo per disseppellire figure storiche e clonarle ha funzionato. Sono passati 16 anni e i cloni frequentano ora il liceo. I cinque personaggi principali sono Abe Lincoln, un ragazzo tutto sommato gentile ma ingenuo che brama la sex symbol della scuola Cleopatra, la quale sta frequentando il macho JFK. Inoltre, i due migliori amici di Abe sono Giovanna d'Arco, una ragazza goth tormentata dall'angoscia innamorata di lui, e Gandhi, un festaiolo senza sosta. Clone High affronta coraggiosamente temi adolescenziali impegnativi, come la privazione del sonno, la contrazione dell'ADHD dai sedili del water, i mali dell'abbandono dei rifiuti e il fatto che il ragazzo che ti piace non ricambi i tuoi sentimenti. Abe si metterà con Cleo, o sarà ostacolato dal bellissimo JFK? Giovanna riuscirà finalmente a farsi notare da Abe? Chi può dirlo?