Abilità speciali si manifestano in una piccola percentuale di ragazzi e ragazze durante la pubertà. Yū Otosaka utilizza il suo potere senza che gli altri lo sappiano e vive una vita scolastica piuttosto normale e comune. Improvvisamente, davanti a lui appare una ragazza, Nao Tomori. A causa del suo incontro con lei, il destino degli utenti di poteri speciali sarà rivelato.