Batman Beyond racconta la storia di Terry McGinnis, un ragazzo normale... fino a quando suo padre viene misteriosamente assassinato. Sospettando un gioco sporco nella compagnia di suo padre, la Wayne/Powers Corporation, Terry incontra Bruce Wayne e scopre un'identità segreta nascosta da decenni. Ora troppo vecchio per combattere l'ingiustizia, Wayne è un'ombra amareggiata di se stesso e rifiuta di aiutare. Così Terry fa ciò che qualsiasi giovane audace farebbe: ruba il Batsuit e prende in mano la situazione! Giurando di vendicare la morte di suo padre, Terry indossa l'armatura ad alta tecnologia - dotata di jetpack per volare, un microfono supersensibile per ascoltare di nascosto e persino capacità di camuffamento - alla ricerca dell'assassino di suo padre.