Mencakup periode dari tahun 1947 hingga masa kini, Taken berfokus pada tiga keluarga berbeda, yang masing-masing sangat terpengaruh oleh kunjungan makhluk luar angkasa. Keluarga Keys dipimpin oleh pilot pengebom Perang Dunia II, Russell Keys, yang menghabiskan hampir seluruh masa dewasanya dihantui oleh "pertemuan dekatnya" dengan alien. Keluarga Clarke awalnya diwakili oleh pelayan kesepian dari Texas, Sally Clarke, yang dihamili oleh orang asing yang menawan (John) yang ternyata adalah penyintas alien dari kecelakaan Roswell. Dan kehidupan keluarga Crawford ditentukan oleh perwira Angkatan Darat yang kejam, Owen Crawford, yang bertekad untuk membuktikan bahwa pemerintah telah menutupi kebenaran tentang Roswell dengan mendedikasikan hidupnya untuk melacak semua alien luar angkasa dan keturunan setengah manusia mereka. Cerita ini dinarasikan oleh Allie Keys, seorang anak "hibrida" dari masa kini, yang kisahnya menentukan hasil dari episode-episode terakhir.