Minato Sahashi sangat cerdas, namun karena ketidakmampuannya mengatasi tekanan, ia telah gagal ujian masuk perguruan tinggi sebanyak dua kali. Akibatnya, ia dicap sebagai orang bodoh dan pecundang oleh banyak orang. Suatu hari, setelah berbicara dengan ibunya yang kembali kecewa, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Musubi yang sedang diserang. Gadis itu melarikan diri tetapi membawanya serta, dan Minato segera mengetahui bahwa, tanpa ia sadari, ia adalah seorang Ashikabi, salah satu dari sekelompok master misterius yang memiliki sifat genetik untuk menjadi pasangan bagi beberapa dari 108 gadis cantik, wanita berdada montok, dan bishōnen yang disebut "Sekirei." Alasan kemitraan ini adalah untuk memungkinkan Sekirei menggunakan seluruh kekuatan mereka untuk memenangkan kompetisi yang diadakan oleh perusahaan misterius MBI.