Ketika ayah Kaito Kuroba meninggal dalam keadaan misterius, ia mengetahui identitas rahasia ayahnya; seorang kriminal internasional terkenal yang dikenal sebagai Kriminal Internasional 1412: Pencuri Hantu, dan bahwa ia dibunuh oleh organisasi misterius karena menolak membantu mereka mendapatkan "Permata Pandora" – sebuah permata yang memberikan keabadian. Ia bersumpah untuk menghentikan organisasi tersebut mendapatkan permata itu, dan mengambil alih identitas ayahnya. Kaito meneliti dan mencuri permata berharga terkenal dengan sejarah menarik dari area yang dijaga ketat, tetapi selalu mengembalikannya setelah bulan purnama berikutnya.