Kisah Kotetsushin Jeeg berlatar lima puluh tahun setelah cerita aslinya dan menampilkan jajaran karakter baru – terutama karakter utama baru, Kenji Kusanagi, seorang siswa SMA dan pembalap motor yang menjadi Kotetsushin Jeeg untuk melawan kemunculan kembali Dewa Haniwa (atau robot tanah liat) dari Kekaisaran Jamada yang dipimpin oleh Ratu Himika.