Latar anime ini adalah kota fiksi Jepang bernama Kota Sugomori. Suatu hari, Noriko Sonosaki memberitahu teman sekelasnya, Katsuhira Agata, "Kau telah terpilih menjadi Kiznaiver." Sistem Kizuna, yang memungkinkan Katsuhira berbagi rasa sakitnya, menghubungkannya dengan teman-teman sekelas yang kehidupan dan kepribadiannya sangat berbeda darinya. Sistem Kizuna adalah sistem yang belum sempurna untuk mewujudkan perdamaian dunia yang menghubungkan orang melalui luka. Semua yang terhubung dengan sistem ini disebut Kiznaiver. Ketika satu Kiznaiver terluka, sistem akan membagi dan menyalurkan luka tersebut ke Kiznaiver lainnya. Kota Sugomori dibangun di atas tanah reklamasi, namun seiring berjalannya waktu, populasi kota tersebut terus menurun. Cerita ini berlatar di kota tempat Katsuhira dan teman-temannya tinggal.