Berlatar tahun 1937 menjelang Perang Dunia II, cerita ini melibatkan organisasi pelatihan mata-mata misterius yang dikenal sebagai "D Agency". Organisasi ini didirikan oleh Letnan Kolonel Yuuki dari Angkatan Darat Kekaisaran Jepang. Idenya membawanya merekrut orang-orang di luar lulusan akademi militer dan personel, sambil melatih mereka menjadi agen terampil dalam seni manipulasi. Para agen ini akan menjadi tim khusus untuk melakukan operasi. Salah satu agen antihero, dengan nama Jirou Gamou, menjalankan misi mengerikan untuk mengungkap dokumen rahasia berjudul "Catatan Hitam", sambil melawan kekuatan dari dalam dan luar barisannya sendiri.