Cerita berpusat pada Haruka Nanase, seorang anak laki-laki yang selalu mencintai dunia air dan berenang di dalamnya. Sebelum lulus sekolah dasar, ia berpartisipasi dalam turnamen renang bersama anggota klub renangnya, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki, dan Rin Matsuoka. Setelah meraih kemenangan, setiap anak laki-laki itu berpisah jalan. Waktu berlalu, dan di tengah kehidupan SMA mereka yang biasa-biasa saja, Rin muncul dan menantang Haruka untuk bertanding, menunjukkan kekuatan Rin yang luar biasa. Tidak ingin berakhir seperti ini, Haruka kembali mengumpulkan Makoto dan Nagisa, serta mengajak anggota baru bernama Rei Ryugazaki untuk membentuk Klub Renang SMA Iwatobi demi mengalahkan Rin.