Fallen mengikuti kisah Luce, seorang wanita muda yang dikirim ke fasilitas rehabilitasi yang menyerupai sekte bernama Sword & Cross untuk menjalani hukuman atas kejahatan yang tidak bisa ia ingat pernah lakukan. Di antara penghuni lainnya, ia bertemu dengan Daniel yang penuh teka-teki dan Cam yang menyebalkan namun tak tertahankan, yang semuanya berada di bawah pengawasan ketat kepala dokter yang jahat, Howson, serta saudara kembar yang taat, Miriam dan Sophia. Luce harus mengungkap misteri tentang siapa dirinya dan mengapa ia memiliki hubungan dengan Daniel yang terbentang jauh melampaui masa mereka di institusi tersebut.