Absentia berpusat pada seorang agen FBI yang, saat memburu salah satu pembunuh berantai paling terkenal di Boston, menghilang tanpa jejak dan dinyatakan tewas. Enam tahun kemudian, dia ditemukan di sebuah kabin di hutan, nyaris tak bernyawa dan tanpa ingatan tentang tahun-tahun yang hilang. Kembali ke rumah dan mendapati suaminya telah menikah lagi dan putranya dibesarkan oleh wanita lain, dia segera terlibat dalam serangkaian pembunuhan baru.