Un jeune garçon nommé Yugi Muto résout une énigme de l'Égypte ancienne et fait apparaître un alter ego sombre et puissant. Chaque fois que lui et ses amis sont menacés par le mal, cet alter ego s'échappe des limites du Puzzle du Millénium et défie les malfaiteurs dans des Jeux d'Ombre : des situations de vie ou de mort qui testent la vraie nature des êtres humains. Ceux qui perdent ou trichent subissent de graves pénalités qui entraînent la perte de leur raison ou même de leur vie. Aux côtés de ses amis Joey, Tristan, Téa et Miho ; Yugi et son double sombre affrontent des ennemis tels que Seto Kaiba : le champion impitoyable du jeu de cartes des monstres du duel ; et Ryo Bakura, qui possède l'Anneau du Millénium contenant un esprit plus brutal que Yami Yugi. Yugi et ses amis réussiront-ils ou perdront-ils leur âme ?